中國醫學科學院病原微生物菌（毒）種保藏中心是按《人間傳染的病原微生物菌（毒）種保藏機構規劃》依托我中國醫學科學院建設，由國家衛生計生委指定的國家級菌（毒）種保藏中心。中國醫學科學院病原微生物菌（毒）種中心由中國醫學科學院組建，在中國醫學科學院菌（毒）種保藏中心管理委員會（以下簡稱中心管委會）指導、協調和監督下開展菌（毒）種保藏工作。保藏中心按照規定接收、檢定、集中儲存與管理菌（毒）種或樣本，并能向合法從事病原微生物實驗活動的單位提供菌（毒）種或樣本。于2017年5月31日成立。